Trama
Il gioco è ambientato a
Hyrule, un regno creato molto tempo prima dalle tre dee Din, Nayru, e Farore. Quando esse lasciarono la terra per ritornare in Paradiso, crearono un potere che esaudiva i desideri di chiunque l'avesse toccata: la Triforza. Questa fu sigillata in un'altra dimensione chiamata "Sacred Realm", dove fu protetta dalla Spada Suprema nel suo piedistallo nel Tempio del Tempo.

L'inizio: L'inizio del gioco è ambientato nella Kokiri Forest, in cui vive un popolo di bambini accompagnati da fatine, protetti dal Great Deku Tree, il benevolo guardiano. Il giovane protagonista, Link, vive qui, ed è in questo luogo in cui ha inizio la sua incredibile avventura. Il gioco inizia con un incubo di Link che si trova di fronte a un castello in una notte tempestosa. Il bambino vede una ragazza in sella ad un cavallo, inseguita da uno sconosciuto, che lo fissa minaccioso. Mentre Link dorme, il Great Deku Tree, convoca la fata Navi e le dice che è prossimo a morire e le dà il compito di guidare Link in un' avventura per salvare il mondo d'Hyrule. Navi corre da Link e lo porta al cospetto del Great Deku Tree. Quest'ultimo assegna a Link la missione di trovare e sconfiggere il parassita localizzato dentro di lui. Link entra nell'albero e sconfigge un enorme ragno, Queen Gohma. Tuttavia, nonostante la sconfitta del parassita, l'albero muore. Pochi minuti prima di morire, l'albero parla a Link di un "uomo del deserto" che sta cercando la Triforza e poi gli dice che sta per morire a causa di una maledizione inflittagli proprio da quest'ultimo. Consegna inoltre al bambino la Kokiri Emerald e gli ordina di andare dalla principessa Zelda nel suo castello di Hyrule. Dopo la sua morte il capo dei Kokiri si arrabbia moltissimo con Link, ritenendolo responsabile della morte dell'albero.
Il castello di Hyrule: Uscendo dalla foresta Link incontra la sua amica Saria che lo saluta malinconicamente e gli regala un oggetto speciale: la Fairy Ocarina. Uscito dalla foresta Link attraversa gran parte della pianura d'Hyrule, arriva in una piccola città e giunge finalmente al castello. Dopo aver evitato le guardie incontra la principessa Zelda che spiega a Link di aver avuto dei sogni sul futuro di Hyrule e sul suo arrivo. Lei crede che Ganondorf abbia ucciso il Deku Tree e abbia tentato di ottenere la Triforza. Zelda spiega a Link che per prendere la Triforza deve ottenere le tre pietre spirituali prima che Ganondorf lo preceda e le usi per entrare nel Sacred Realm. Link viene quindi accompagnato fuori dal castello da Impa, la guardia del corpo di Zelda (che gli insegna la Zelda Lullaby, una melodia fondamentale per lo sviluppo del gioco).
Goron's Ruby: Link, sotto indicazione di Impa, si dirige a Kakariko, il villaggio natale di quest'ultima e poi sale per la Death Mountain, dove si trova il popolo dei Goron, i custodi della seconda pietra spirituale: il Goron's Ruby. Arrivato a Goron City, Link incontra Darunia, il re dei Goron, che gli riferisce la situazione: l'ingresso alla Dodongo's Cavern, l'unica fonte di approvviggionamento per il suo popolo, è stato bloccato da Ganondorf. Dopo mille peripezie nella caverna Link si ritrova al cospetto di King Dodongo, il boss della caverna e, sconfittolo, riceve il Goron's Ruby da Darunia.
Zora's Sapphire: Per ottenere la terza e ultima pietra Link si incammina verso Zora's Domain. Qui scopre che il protettore di questo popolo acquatico, Lord Jabu-Jabu, ha inghiottito la principessa Ruto, figlia del re degli Zora. Link riesce ad entrare nell'enorme pesce dove trova Barinade, il boss e lo sconfigge. Come ricompensa per le sue fatiche Link riceve lo Zora's Sapphire dalla principessa Ruto.
L'incontro con Ganondorf: Link ritorna al castello ma scopre che qualcosa non va: il cielo è nuvoloso e il ponte levatoio è alzato! Ad un certo punto il ponte si abbassa e ne esce Ganondorf, intento a inseguire Zelda e Impa a cavallo, come aveva visto nel sogno. Zelda lancia la sua Ocarina of Time nel fossato. Link raccoglie l'ocarina e impara la "Song of Time", parlando telepaticamente con Zelda. Questa melodia serve per aprire la porta del "Temple of Time". In seguito, Link apre la "Door of Time" utilizzando le spiritual stones e la "Song of Time", estrae la Master Sword dal suo piedistallo e viene teletrasportato verso il Sacred Realm. Purtroppo qualcosa va storto: Ganondorf segue Link e riesce ad ottenere la Triforza, conquistando Hyrule.
Sette anni dopo: Link, diventato adolescente, si ritrova verso una stanza eterea: la "Chamber of the Sages" ed incontra un uomo anziano, Rauru. Quest'ultimo dice all'eroe che è rimasto congelato sette anni affinché diventasse abbastanza grande da ottenere la Master Sword e sconfiggere Ganondorf. Rauru afferma anche di essere il Sage of Light, uno dei sei saggi che proteggono la Triforce. Egli afferma che, se Link avesse trovato gli altri cinque saggi, essi sarebbero riusciti a imprigionare Ganondorf nel Sacred Realm. Tuttavia, i saggi sono ignari delle loro identità, perché Ganondorf ha conquistato Hyrule e l'ha trasformata in una terra popolata da mostri. Link deve liberare i sei templi spirituali dai mostri, in modo che ogni tempio venga riassegnato a ciascun saggio. Link ritorna in Hyrule e incontra un misterioso personaggio, Sheik, che apparirà periodicamente per aiutare l'Eroe del Tempo.
I templi: Sheik dice a Link di recarsi nel "Forest Temple", situato nelle Lost Woods. Entrato nel tempio, il ragazzo sconfigge Phantom Ganon, un fantoccio seguace di Ganondorf. Così l'eroe libera la "Forest Sage" che è la sua vecchia amica Saria (rimasta bambina, dato che i Kokiri non crescono). Successivamente, egli ritorna nei pressi del Deku Tree, dove scopre che l'albero è rinato in un germoglio. Link, parlando con il germoglio, scopre di essere in realtà un Hylian, affidato alle cure del Deku Tree poco prima che sua madre morisse. Questo spiega il fatto che Link sia cresciuto, mentre tutti gli altri Kokiri siano rimasti bambini. In seguito, il ragazzo s'addentra nel "Fire Temple", in cima alla "Death Mountain", dove libera alcuni Goron fatti prigionieri da Ganondorf e destinati a finire in pasto a un drago, chiamato Volvagia che è il boss del dungeon. Sconfittolo, Darunia, il "Fire Sage", dona a Link il "Fire Medallion". Dopodiché Link si dirige verso la "Zora's Domain" e scopre che essa è stata congelata e completamente abbandonata. Riesce comunque a entrare nel "Water Temple", localizzato nel "Lake Hylia", dove sconfigge un'immagine speculare di sé stesso (Dark Link) e un mostro d'acqua, chiamato Morpha. Il "Water Sage" è la principessa Ruto (diventata adulta come Link e meno verbalmente maleducata) Link si reca a Kakariko dove incontra Sheik e scopre che alcune case stanno andando a fuoco. Una presenza oscura, proveniente dal pozzo del villaggio, colpisce entrambi, facendoli svenire. Dopodiché, Link scopre che la forza oscura aveva rotto il sigillo nel pozzo e s'incammina verso lo Shadow Temple, localizzato dietro il cimitero. Dentro il tempio, Link sconfigge il boss Bongo Bongo e libera lo Shadow Sage, Impa. Nel deserto, Link libera i carpentieri di Kakariko rinchiusi nella Gerudo Fortress per una ragione ignota, così ottiene il permesso di arrivare allo Spirit Temple. Giunto a destinazione, il giovane scopre che deve superare il livello da bambino e deve ottenere i "Silver Gauntlets" per accedere alla zona superiore del tempio. Facendo ciò, Link conosce Nabooru, il capo delle Gerudo; quest'ultima però, viene rapita da due streghe gemelle (Koume e Kotake Twinrova) dopo pochi minuti. Dopo essere ritornato adulto, Link supera il tempio, sconfigge le due streghe Twinrova e libera Nabooru, che è il sesto saggio.
Le battaglie finali: Link ritorna nel "Temple of Time", dove Sheik gli rivela la sua vera identità: il personaggio misterioso è in realtà la principessa Zelda. Ella è inoltre il settimo saggio ("Sage of Wisdom") nonché il capo di tutti gli altri saggi. Ella dice a Link che quando Ganondorf ha toccato la Triforza, il suo cuore si è infranto e quindi l'artefatto si è diviso in tre pezzi. Così, Ganon ottenne la "Triforce of Power", Zelda la "Triforce of Widsom" e Link la "Triforce of Courage". Zelda dona a Link le magiche "Light Arrows", necessarie per sconfiggere Ganondorf. L'incontro dura poco, perché Zelda viene rapita da Ganondorf e portata nella sua torre (che rimpiazza l'antico Hyrule Castle). Dopo che i sei saggi aiutano Link a entrare nel castello, Link sconfigge Ganondorf e salva Zelda. I due giovani scappano velocemente, ma Ganondorf, usando la Triforce of Power, si trasforma in Ganon, un mostro più potente, e distrugge l'intero castello. Link lo sconfigge, e, con l'aiuto dei sette saggi, Ganon viene sigillato nel Sacred Realm per l'eternità. Prima di sparire afferma che quando il sigillo sarà distrutto, egli ritornerà per uccidere con le sue mani, i discendenti della Principessa e dell'Eroe del Tempo.
I festeggiamenti: In seguito, tutti gli abitanti di Hyrule si ritrovano al Lon Lon Ranch per festeggiare la vittoria. Zelda suona l'Ocarina of Time per rispedire Link indietro nel tempo e farlo ritornare un bambino. Da bambino, Link depone la Master Sword e congeda Navi. Egli s'addentra clandestino nel castello per incontrare nuovamente la giovane Zelda. Il gioco si conclude con una scena che riprende il momento del primo incontro: Link arriva al cospetto della principessa mentre essa sta spiando dalla finestra del castello.